Quando buscamos a história de preservação da região da Reserva Biológica de Duas Bocas nos deparamos com um forte vínculo com o abastecimento de água para a população da grande Vitória, começando em 1894 por iniciativa do presidente da intendência (prefeito) de Cariacica Sr. Manoel Lopes Loureiro o qual construiu um rudimentar sistema de captação de água no rio Pau Amarelo para abastecimento de Cariacica Sede, já em 1912 o governador do estado Sr. Jerônimo Monteiro após avaliação de diversas regiões no entorno de Vitória determina a aquisição de terras na região do Rio Pau Amarelo, com o objetivo de construir uma represa para abastecimento da população, onde em 1918 está represa foi inaugurada, tendo funcionado até a década de 50, que por sua vez com o crescimento da população houve a necessidade da construção de uma nova represa mas desta vez com a capacidade de armazenamento muito superior, represando além do rio Pau Amarelo o rio Naiá - Assú e o rio Panelas. Esta nova represa começou a ser construída em 1949 foi inaugurada em 1951 pelo presidente da república Sr. Getúlio Vargas e teve seu funcionamento iniciado em 1954, foi nesta época que tivemos o segundo período de desapropriações de terras.
E em 1965 como parte da área já estava desapropriada e buscando garantir a qualidade da água fornecida para a população foi criada a Reserva Florestal de Duas Bocas pela Lei nº 2.095 de 12 de janeiro de 1965, com 2910 hectares, e nesta época que tivemos a última fase de desapropriação de terras.
Em 1991 com 26 anos já passados da criação desta unidade e com a realização de diversas pesquisas durante este período foi observado uma grande diversidade biológica e culminado com mudanças na legislação a reserva teve sua categoria de manejo redefinida para Reserva Biológica em 02 de Janeiro de 1991 através da Lei nº 4.503. Categoria esta que não permite atividade turística, sendo admitido apenas uso indireto dos recursos naturais.
Atualmente a unidade conta com 3 (três) alojamentos para atender exclusivamente pesquisadores, sendo dois na sede da UC e um posto avançado na parte sul.